Biuro Delegata Rządu na Kraj składało się z następujących jednostek organizacyjnych: Biuro Prezydialne – kompetencje Biura odpowiadały kompetencjom przedwojennego Prezydium Rady Ministrów. Składało się z: Gabinet Delegata Rządu Wydział Kontroli Biura („Izba”, nawiązujący do Najwyższej Izby Kontroli) Komitet Koordynacji Ustawodawczej Wydział Gospodarki Narodowej Wydział Organizacji Administracji Wydział Walki Cywilnej (miał de facto status odrębnego departamentu, zobacz Kierownictwo Walki Cywilnej) Wydział Kontroli Departament Spraw Wewnętrznych (kierownik: Leopold Rutkowski) – należał do najaktywniejszych w działalności bieżącej (wywiad polityczny, kierowanie aparatem terenowym, polityka, przygotowania do obsady władz, opracowanie aktów legislacyjnych do wydania po wyzwoleniu) Wydział Bezpieczeństwa – czuwanie nad bezpieczeństwem Delegatury Główny Inspektorat Państwowego Korpusu Bezpieczeństwa – konspiracyjna policja, miała zapewnić Delegaturze objęcie władzy administracyjnej i policyjnej w terenie;