W 1995 klub finiszował na trzecim miejscu, ale z powodu kryzysu finansowego ROMAR wycofał się z klubu i zespół powrócił do nazwy FK Mažeikiai. Przez brak pieniędzy klub był zmuszony rozpocząć rozgrywki w czwartej lidze. Dopiero po pozyskaniu nowego sponsora w 2001 jako Nafta Możejki awansował do drugiej ligi ale szybko z niej spadł. W 2003 już jako FK Mažeikiai wrócił znów do drugiej ligi, ale pobyt ponownie trwał ledwie sezon. W latach 2005–2008 uczestniczył w rozgrywkach trzeciej ligi litewskiej. W 2008 klub zajął pierwsze miejsce w lidze trzeciej i awansował do drugiej ligi litewskiej (I Lyga), a w następnym sezonie zajął trzecie miejsce, ale przed rozpoczęciem sezonu otrzymał prawo występów w A lydze.
Osiągnięcia Mistrzostwo Litewskiej SRR: mistrz: 1976, 1979 brązowy medalista: 1974, 1977 Puchar Litewskiej SRR: finalista: 1979 Mistrzostwo Litwy: mistrz: 1994 brązowy medalista: 1995 Puchar Litwy: półfinalista: 1994, 1995
Europejskie puchary
Sezon Rozgrywki Runda Klub Dom Wyjazd Ogólnie 1994/95 Puchar UEFA 1R AIK Fotboll 0–2 0–2 0–4
Linki zewnętrzne Statystyki klubu na klisf.info
Mažeikiai Kategoria:Kluby piłkarskie założone w 1947 Kategoria:Kluby piłkarskie rozwiązane w 2016