W kampanii wrześniowej 1939 pełnił obowiązki szefa Sztabu DOK III w Grodnie. 19 września na rozkaz dowódcy Okręgu Korpusu przekroczył z podległymi oddziałami granicę polsko-litewską i do 10 lipca 1940 przebywał w obozach internowanych w Kołotowie, Kalwarii i Kownie. Po włączeniu krajów bałtyckich do ZSRR więziony był w Kozielsku i obozie jenieckim NKWD w Griazowcu, skąd zwolniony został 31 lipca 1941, po zawarciu umowy polsko-radzieckiej.
W okresie organizowania Armii Polskiej generał Władysław Anders wyznaczył go na stanowisko szefa Oddziału I (Organizacyjno-Szkoleniowego) w Dowództwie Polskich Sił Zbrojnych w ZSRR. Funkcję tę pełnił od końca sierpnia 1941 do października 1944 (od listopada 1942 w Dowództwie Etapów i Dowództwie Armii Polskiej na Wschodzie). Według wywiadu sowieckiego był jednym z głównych reprezentantów poglądów skrajnie nacjonalistycznych i antysowieckich w korpusie oficerów Armii Andersa.