Czasy perskie Od 625-555 p.n.e. Kios, jako kolonia Miletu, prosperował, z powodu swego kluczowego położenia, jako port i punkt handlowy dla towarów przychodzących do i od lądu stałego. W 553 p.n.e. Azja Mniejsza przeszła pod kontrolę Lidyjczyków i Persów. Płacąc podatki nowym władcom, mieszkańcy Kios posiadali wolność i niezależność w handlu i sposobie życia. Miastem Kios rządzili władcy pochodzący ze starej perskiej dynastii Artabazydów, spokrewnionej z Achemenidami. W V i IV w. p.n.e. władali oni, jako faktycznie niezależni dynaści, aż do zniesienia władzy przez Macedończyków w 302 p.n.e. Pierwszym znanym władcą był Artabazos, panujący w latach ok. 490–470 p.n.e.
W 466 p.n.e. miasto zostało uwolnione przez Ateńczyków. Wódz ateński Kimon pokonał perską flotę wojenną na Cyprze i odepchnął Persów w głąb stałego lądu na wiele lat. Miasto Kios wraz z innymi miastami Azji Mniejszej należało do I Ateńskiego Związku Morskiego. Po ateńskiej porażce na Sycylii Kios był znowu został włączony do Persji w 412 p.n.e. W 334 p.n.e. został oswobodzony przez Aleksandra Wielkiego, króla Macedonii.