Zwolniony jesienią 1940 wrócił do pracy w Bibliotece Jagiellońskiej na stanowisko zwykłego bibliotekarza, zabezpieczał zbiory przed zagrożeniami wojennymiOlszewska B., Dobrzycki J., Kurdziałek M., Róziewicz J., Aleksander Birkenmajer 1890–1967, „Kwartalnik Historii Nauki i Techniki”, 1968, nr 1, s. 107–126.. Pracował w bibliotece do połowy 1944, gdy został zwolniony z powodu zaginięcia rękopisów przeznaczonych do wysyłki do nazistowskich NiemiecIbidem..
Jeszcze pod koniec wojny, na mocy zarządzenia Ministra Oświaty z 15 lutego 1945 został mianowany okręgowym kierownikiem bibliotecznym dla województw poznańskiego i pomorskiego, odpowiedzialnym za zabezpieczenie i ochronę zbiorów. Powrócił wtedy z Krakowa do Poznania, obejmując ponownie funkcję Dyrektora Biblioteki Uniwersytetu Poznańskiego. Pozostał na tym stanowisku do 1947. Odbudował w tym czasie gmach Biblioteki ze zniszczeń wojennych, odzyskał jej księgozbiór rozlokowany przez Niemców hitlerowskich w magazynach zewnętrznych z przeznaczeniem do wywiezienia, oraz przywrócił funkcjonowanie, pomimo braku funduszy i kadr. Była to jednak tylko część jego pracy, gdyż z wymienionego wyżej mianowania wynikał również obowiązek pozyskania i zabezpieczenia księgozbiorów na terenie dwóch województw.