do uruchomienia próbnego silnika rakietowego, aby unicestwić składającego się z trzech gigantycznych macek potwora zamieszkującego komorę testową, wykorzystania starego systemu kolejowego, aby mógł dotrzeć do kompleksu rakietowego i wystrzelić specjalnego satelitę, czy pokonania zamaskowanych zabójczyń, by na koniec zostać schwytanym przez marines z jednostki HECU i wrzuconym do zgniatarki śmieci. Freemanowi udaje się uciec przed śmiercią w zgniatarce i dotrzeć do starej części kompleksu Black Mesy, gdzie odkrywa on duży zbiór okazów zabranych ze świata Xen na długo przed katastrofą.
Po ponownym wydostaniu się na powierzchnię, Gordon wkracza w strefę działań wojennych. Wysłani przez rząd żołnierze zostali rozbici i przytłoczeni przez obce organizmy. Wspinając się po klifach i ukrywając w zniszczonych zabudowaniach, Freeman dociera ostatecznie do podziemnej części kompleksu. W międzyczasie żołnierze z jednostki HECU podejmują decyzję o wycofaniu się z Black Mesy, a następnie rozpoczynają bombardowanie ośrodka. Główny bohater przemieszcza się systemem kanałów wodnych, podczas gdy obcy dobijają pozostałych na terenie kompleksu marines. Gordon dociera do Lambda Complex, w którym naukowcy rozwijali technologię teleportacji, umożliwiającą odbywanie podróży do świata Xen.