Autor powinien zadbać o co najmniej minimalną spójność znaczeniową między leksjami, aby odbiorca był w stanie zrozumieć ogólny przekaz zawarty w utworze, niezależnie od tego, czy ma do czynienia z hipertekstem narracyjnym lub nienarracyjnym. Brak ciągłości semantycznej może być wykorzystany celowo, gdy autor chce wywołać w czytelniku poczucie zagubienia.
Leksje są ze sobą połączone za pomocą hiperłączy. Odbiorca przemieszcza się po utworze przez klikanie w dowolne linki zagnieżdżone w segmencie. Hiperłącza odróżniają się od innych elementów tekstowych przez widoczne zakotwiczenie linku. Autor może zaznaczyć je np. kolorem, pogrubieniem, odmiennym krojem lub stopniem pisma. Funkcję łącza mogą spełniać również obrazy.
Utwory hipertekstowe o szczególnie skomplikowanej strukturze są wyposażone w mapy. Obrazują one połączenia między poszczególnymi segmentami lub wątkami tematycznymi zawartymi w hipertekście. Dzięki nim odbiorcy jest łatwiej zrozumieć zachodzące między nimi relacje i wyciągać wnioski zarówno podczas lektury, jak i po jej zakończeniu.