Najczęściej jednak przebywają w odległości od zbiornika wodnego nie większej niż 500 m.
Kapibary wielkie zamieszkujące obszary zalewowe czy równiny aluwialne Pantanal są narażone na dużą zmienność warunków życia. Podczas okresu obfitości wody roślinność jest bujna, więc duża obfitość pożywienia pozwala na spokojne życie, rozmnażanie i nabieranie masy ciała na trudne okresy. Gwałtowne powodzie i zalewanie terenów, będących naturalną spiżarnią kapibar, stanowią dla całych populacji, a szczególnie dla młodych kapibar, poważne utrudnienie i zagrożenie. W okresach suszy małe zbiorniki wodne zanikają, a trawy wysychają, co powoduje nie tylko brak pożywienia, ale i zanikanie naturalnych osłon przed drapieżnikami. Głód, brak wody i osłony wymuszają wówczas migracje w kierunku głównych rzek i lagun.
Kapibary wielkie lubią także zamieszkiwać na terenach wypasu bydła. Wielkie rancza zajmują obszary przekraczające nawet 100 tys. ha. Warunki, jakie tam panują, dają im komfort do życia. Tereny te mają dobry dostęp do wody, są zasobne w paszę, a drapieżniki są przeganiane przez hodowców bydła.