W wiosennym sezonie Clausura 2013 Muñoz dotarł z Américą do dwumeczu finałowego ligi meksykańskiej, w którym jego drużyna zmierzyła się z Cruz Azul. W pierwszym, wyjazdowym spotkaniu América przegrała 0:1, natomiast 26 maja w rozegranym na Estadio Azteca rewanżu już od 13. minuty musiała grać w dziesiątkę po czerwonej kartce dla Jesúsa Moliny. Ponadto w 20. minucie po bramce Teófilo Gutiérreza Cruz Azul wygrywał już 1:0 (w ogólnym bilansie dwumeczu 2:0). W 88. minucie Aquivaldo Mosquera zdobył bramkę, która dała Américe wyrównanie, natomiast w doliczonym czasie gry przy wykonaniu rzutu rożnego Muñoz powędrował w pole karne przeciwnika i strzałem głową strzelił gola, który ustalił wynik spotkania na 2:1 (w dwumeczu 2:2) i doprowadził do dogrywki. W niej nie padła żadna bramka, wobec czego do rozstrzygnięcia dwumeczu potrzebne były rzuty karne. América zwyciężyła w nich 4:2 (Muñoz obronił jedenastkę wykonywaną przez Javiera Orozco), zdobywając jedenasty tytuł mistrza Meksyku.