Wydział Żandarmerii Wojskowej w Gdyni wraz z podległymi placówkami w Helu i Świnoujściu powołano 1 września 1990 roku. Następnie w styczniu 1994 roku wydział został przeformowany na Oddział ŻW. Po dokonanych zmianach Komendant OŻW w Gdyni podlegał bezpośrednio Komendantowi Głównemu. 1 października 1996 roku komendantowi gdyńskiego oddziału podporządkowano placówkę żandarmerii w Ustce. Do 2001 roku OŻW gdyńska żandarmeria była jedyną jednostką ŻW, której stan osobowy pełnił służbę w marynarskich mundurach. 1 grudnia 2000 roku Oddziałowi ŻW w Gdyni podporządkowano gdański wydział wraz z placówkami w Malborku i Słupsku, wyłączono zaś z niego placówkę w Świnoujściu, która zaczęła podlegać OŻW w Szczecinie. Od 1 lipca 2011 roku ponownie utworzono jednostkę mniejszą, Wydział ŻW w Gdyni.