319. sztab i dowództwo (w Pińsku) dywizjon monitorów: 5 monitorów („Smoleńsk”, „Winnica”, „Witebsk”, „Bobrujsk”, „Żitomir” – dawne polskie) dywizjon kutrów uzbrojonych: 14 kutrów dywizjon trałowców-minowców: 6 jednostek 1 kanonierka oddział gliserów (6 gliserów) rozpoznawcza eskadra lotnictwa oddział szkolny (w Kijowie): 2 monitory („Lewaczew” i „Flagin” – o większym zanurzeniu), 2 kanonierki, 1 trałowiec, oddział kutrów pancernych (6 kutrów)
Po ataku Niemiec na ZSRR flotylla została uzupełniona zmobilizowanymi i uzbrojonymi łodziami i kutrami (na dzień 30 czerwca w skład wchodziły 53 jednostki).
Do 11 lipca 1941 jej siły były rozdzielone na trzy oddziały: Briański – oddział współdziałał z 21 Armią, Prypecki (w składzie Frontu Zachodniego) – oddział współdziałał z 4 i 5 Armią, Dnieprzański w składzie Frontu Południowo-Zachodniego – oddział współdziałał z 26 i 38 Armią.