Zwieńczeniem tej współpracy było podpisanie przez Hiszpanię i Portugalię paktu iberyjskiego (Pacto Ibérico) z 17 marca 1939 (z protokołem dodatkowym z 29 lipca 1940). Podczas II wojny światowej prowadził politykę neutralności, lawirując pomiędzy III Rzeszą, której sprzedawał surowce mineralne (wolfram), a aliantami, którym udostępnił w 1943 bazy wojskowe na Azorach (lotnicza i morska). Nie opowiedział się po stronie Państw Osi z powodu obawy utraty zamorskich kolonii na rzecz Wielkiej Brytanii. W okresie wojny doszło do zjednoczenia lewicowej opozycji. W 1943 roku socjaliści, komuniści i republikanie weszli w skład Zjednoczonego Antyfaszystowskiego Ruchu Narodowego. Działacze koalicji uważali, że wraz z upadkiem faszyzmu w Europie ustrój ten upadnie także w Portugalii. Istnienie dyktatury utrzymał jednak wybuch zimnej wojny. Wraz z zimną wojną doszło do rozłamu między uczestnikami frontu antysalazarowskiego, a współpraca komunistów i socjalistów została zakończona.