6 ustawy, zarządzającym SSE może być wyłącznie spółka akcyjna lub spółka z ograniczoną odpowiedzialnością, w której Skarb Państwa albo samorząd województwa posiada większość głosów na walnym zgromadzeniu lub zgromadzeniu wspólników.
Spośród czternastu stref Skarb Państwa posiada udział większościowy w jedenastu, dwie (SSE Euro-Park Mielec oraz TSSE Euro-Park Wisłosan) są zarządzane przez Agencję Rozwoju Przemysłu, a jedna – Słupska SSE – przez Pomorską Agencję Rozwoju Regionalnego, w której większościowy udział mają: miasto Słupsk oraz samorząd województwa pomorskiego.
Do najważniejszych zadań spółek zarządzających należą m.in. organizowanie rokowań i przetargów na udzielanie zezwoleń na działalność w SSE, budowa i rozwijanie infrastruktury na terenie strefy, sprzedaż lub pośredniczenie w sprzedaży gruntów objętych strefą, pośredniczenie w kontaktach pomiędzy inwestorami a dostawcami mediów oraz władzami lokalnymi, opieka poinwestycyjna oraz kontrolowanie działalności przedsiębiorców w zakresie zgodności ich działalności z wydanymi pozwoleniami.