Zwolnienie podatkowe dotyczy wyłącznie dochodu z działalności prowadzonej na terenie SSE wskazanej w treści zezwolenia.
Nie wszyscy przedsiębiorcy mogą otrzymać zezwolenie na działalność w specjalnej strefie ekonomicznej – nie może ono zostać wydane na prowadzenie działalności w zakresie m.in. wytwarzania materiałów wybuchowych, wyrobów tytoniowych, przetwarzania paliw silnikowych, wyrobu, rozlewu i przetwarzania napojów alkoholowych oraz spirytusu przeznaczonego na cele inne niż produkcja biokomponentów, ośrodków gier hazardowych, a także usług związanych z odprowadzaniem i oczyszczaniem ściekówRozporządzenie Rady Ministrów z dnia 10 grudnia 2008 r. w sprawie pomocy publicznej udzielanej przedsiębiorcom działającym na podstawie zezwolenia na prowadzenie działalności gospodarczej na terenach specjalnych stref ekonomicznych ()..
Minimalna wartość inwestycji w SSE to 100 tys. euro, a udział środków własnych przedsiębiorcy musi stanowić co najmniej 25% całkowitych kosztów kwalifikowanych inwestycji.