Początek kariery politycznej Od 1958 był sekretarzem partii w Bratysławie i członkiem Komitetu Centralnego Komunistycznej Partii Czechosłowacji, a dwa lata później wybrano go do sekretariatu KC KPCz. Na tym stanowisku po raz pierwszy spotkał się z prezydentem i I sekretarzem Antonínem Novotným, który początkowo był jego promotorem, a z którym w następnych latach Dubček rywalizował jako zwolennik umiarkowanej liberalizacji w duchu chruszczowowskiej destalinizacji i zdecydowany przeciwnik czechocentryzmu państwa. W 1959 został sekretarzem Komitetu Centralnego do spraw przemysłu.

Dubček domagał się rehabilitacji ofiar Józefa Stalina, co nastąpiło częściowo w ZSRS podczas rządów Chruszczowa, i rehabilitacji słowackich komunistów prześladowanych w latach 1951–1953. Dubček w konflikcie liczył na poparcie Moskwy, która wywierała presję na destalinizację Czechosłowacji. Ten konflikt z Novotným spowodował, że Dubček został ponownie przeniesiony na Słowację, gdzie w ramach pozornego awansu został członkiem kierownictwa KPS. Od 1962 pełnił funkcję głównego sekretarza Komitetu Wojewódzkiego KSS w Bratysławie, a od 1963 był pierwszym sekretarzem Komitetu Centralnego KPS.