Po przesileniu z 1963 r. Dubček umocnił swoją pozycję i dążył do dalszego osłabienia Novotnego. W tym okresie rywalizował z reformatorskim Gustávem Husákiem i na posiedzeniu władz KPS potępił go za radykalizm oraz uznał za niedopuszczalne zmniejszenie kontroli partii komunistycznej nad poszczególnymi dziedzinami życia publicznego. W okresie od 1963 do 1968 r. dążył do utrzymania równowagi sił z Novotným, balansując między naciskami społeczności słowackiej oraz presją władz centralnych.
Wiosną 1967 r. Dubček zaproponował reformę KPCz w kierunku pluralistycznym, by partia tworzyła warunki do aktywności społecznej, a nie ją kontrolowała. Ponadto w tym okresie nasilały się problemy ekonomiczne na Słowacji, przeciw którym protestował Dubček jesienią. Dubček krytykował czeskocentryczność reformy, zgodnie z którą ⅔ inwestycji przemysłowych miało zostać zrealizowanych w Czechach. Wszystkie te czynniki doprowadziły do ponownego zaognienia konfliktu w KPCz i w efekcie w październiku 1967 r. Dubček ponownie skrytykował Novotnego za nadmierną kumulację stanowisk, co było powrotem do zarzutów sprzed 10 lat.