W tej sytuacji Dubček został uznany za kandydata kompromisowego, a ponadto dobrze widzianego w ZSRR. Między 3 i 5 stycznia 1968 Plenum Komitetu Centralnego podjęło decyzję o rozdzieleniu stanowiska I sekretarza Komitetu Centralnego od stanowiska Prezydenta Republiki, wskutek czego Antonín Novotný został pozbawiony funkcji Pierwszego Sekretarza Komitetu Centralnego. 5 stycznia 1968 na jego następcę Prezydium wybrało (z rekomendacji Novotnego i z poparciem Breżniewa) dotychczasowego pierwszego sekretarza Komitetu Centralnego Komunistycznej Partii Słowacji Alexandera Dubčeka. Novotný zachował mniej ważne stanowisko prezydenta państwa.
Dubček obsadził kierownictwo partii swoimi sojusznikami, jednakże nie posiadał sprecyzowanego programu politycznego, a jego ekipę łączyły chęć zachowania ustroju w dotychczasowej formie oraz wrogość do Novotnego i jego otoczenia. Ostatecznie jednak jego postulaty większej przejrzystości życia politycznego zyskały na tyle duże poparcie (przede wszystkim w czeskiej części państwa), że nowe władze zmuszone były kontynuować liberalizację ustroju, nierzadko przyjmując do wiadomości wydarzenia dziejące się bez kontroli centrali KPCz. Umożliwiło to proces zmiany życia społecznego i politycznego, nazywany „praską wiosną”.