Kompleks wydm prawie w całości zalesiony jest borami sosnowymi (siedlisko boru świeżego).
Obszar Chronionego Krajobrazu Wydm Kotliny Toruńsko-Bydgoskiej znajduje się w strefie oddziaływań emisji przemysłowych i energetycznych ze strony Bydgoszczy i Torunia (tlenki siarki, azotu, pyły). W związku z tym część drzewostanów zaliczana jest do uszkodzonych pod wpływem tych emisji w stopniu średnim i słabym. Oznacza, to w pierwszym przypadku uszkodzenie aparatu asymilacyjnego drzew od 26% do 60%, a w drugim od 11% do 25%.
Rezerwaty przyrody Łażyn – ochrona 180-letniego boru sosnowego, reprezentatywnego dla Puszczy Bydgoskiej; Piecki Jezuickie – projektowany rezerwat częściowy, chroniący torfowisko i bór bagienny z gatunkami rzadkich roślin chronionych.
Ograniczenia środowiskowe Na Obszarze Chronionego Krajobrazu Wydm Kotliny Toruńsko-Bydgoskiej zakazane jest naruszanie stateczności wydm i pól wydmowych. Ze względu na glebo- i wodochronny charakter lasów – niektóre fragmenty kompleksów leśnych nie są wskazane do zrębów całkowitych. Poza tym obowiązują na tym obszarze zakazy dotyczące obszarów chronionego krajobrazu zawarte w ustawie o ochronie przyrody.