Na skutek rozbiorów Polski i wpływu władz zaborczych na działalność Kościoła katolickiego dokonano zmian granic biskupstwa poznańskiego – mazowiecką część wraz z Warszawą odłączono od Poznania i w 1798 utworzono z niej osobne biskupstwo warszawskie (w 1817 podniesione do rangi archidiecezji). W 1821 papież Pius VII wydał bullę De salute animarum, w której regulował na nowo organizację kościelną na obszarze państwa pruskiego. Wówczas to podniesiono dotychczasowe biskupstwo poznańskie do rangi archidiecezji oraz połączono unią aeque principaliter z archidiecezją gnieźnieńską, tworząc jedną metropolię. Odtąd biskupi poznańscy nosili tytuł prymasa. W czasach pruskich wielokrotnie dochodziło do napięć pomiędzy zaborcą a władzami kościelnymi. Symbolem prześladowań tamtego okresu jest postać kard. Mieczysława Ledóchowskiego, który musiał opuścić archidiecezję.