Po wydaniu pierwszego albumu zaczął się okres intensywnego koncertowania – KoRn jako nieznany jeszcze nikomu zespół musiał wyrobić sobie odpowiednią renomę. Trasa pomogła Jonathanowi w walce z dwuletnim nałogiem narkotykowym. Zdał on sobie sprawę, że takie funkcjonowanie może się dla niego źle skończyć. Jednak stary nałóg zastąpił nowy – alkoholizm.
W 2002 roku Jonathan wraz z grupą Linkin Park zremiksował ich utwór One Step Closer. Remix ten pojawił się na remixowej płycie LP pt. Reanimation. Wykonywał go potem, wraz z wyżej wspomnianą grupą, na koncertach.
Davis był żonaty dwa razy. Po raz pierwszy w 1998 roku z Renee Perez. Z tego związku urodził się syn, Nathan Houseman Davis. Jonathan i Renee rozwiedli się w 2001 roku. 5 października 2004 roku, 10 lat po wydaniu pierwszego albumu KoЯna, ożenił się na Hawajach z byłą aktorką porno Deven Davis. W 2005 roku urodził się jego drugi syn – Pirate Houseman Davis. Trzeci syn Davisa, Zeppelin Houseman Davis urodził się 28 kwietnia 2007. Deven Davis zmarła 17 sierpnia 2018.
Davis od 22 sierpnia 1998 nie pije i nie bierze narkotyków. Stwierdził, że nie będą mu już potrzebne.