Po wystrzeleniu z okrętu podwodnego samolot miał lądować na lądzie.
Łącznie wyprodukowano 28 samolotów w tym:: 8 prototypów M6A1 (10.1943 - 10.1944), 18 seryjnych M6A1 model 11 (10.1944 - 07.1945) 2 prototypy M6A1-K (1944).
Użycie Zgodnie z założeniami dowództwa japońskiego, celem ataków miały być urządzenia, zwłaszcza śluzy, Kanału Panamskiego. Było to szczególnie ważne po zakończeniu w maju 1945 roku wojny w Europie.
Udało się zorganizować jedną wyprawę w lipcu 1945 roku, gdy 10 samolotów Aichi M6A1 Seiran z 631. Korpusu Powietrznego zostało umieszczonych na dwóch okrętach podwodnych typu I-400 z 1. Flotylli Okrętów Podwodnych. Do użycia samolotów jednak nie doszło, gdyż zanim okręty dotarły do celu, Japonia skapitulowała.
Żaden egzemplarz Seirana nie wziął udziału w walce, jednak system uzbrojenia łączący ten samolot z okrętem podwodnym stanowił genialne połączenie techniki lotniczej i morskiej.
Opis konstrukcji Samolot Aichi M6A1 Seiran był dwumiejscowym, wolnonośnym dolnopłatem o konstrukcji całkowicie metalowej. Podwozie pływakowe na wolnonośnych pylonach, których montaż lub demontaż trwał zaledwie około 2,5 minuty.