Transport W pobliżu Winnicy mieści się port lotniczy Winnica, który obsługiwał m.in. loty do Warszawy i Tel Awiwu od 2010 do 2019 roku. Był jedynym funkcjonującym międzynarodowym portem lotniczym w środkowej Ukrainie. Podczas epidemii COVID-19 lotnisko zostało zamknięte i było przygotowane do rekonstrukcji. Otwarcie nowego portu lotniczego było zaplanowane na 2023 r., ale 6 marca 2022 roku lotnisko zostało znacznie uszkodzone przez atak 8 rosyjskich rakiet.
Znajdują się tu także dworce autobusowy oraz kolejowy. Według stanu na styczeń 2023 roku przez stację kolejową w Winnicy jeżdżą pociągi do Kijowa, Lwowa, Odessy, Zaporoża, Czernihowa, Sum oraz polskiego Przemyśla.
Komunikacja miejska jest obsługiwana przez tramwaje, trolejbusy i autobusy.
Na dzień 1 lipiec 2026 r. w mieście działało 140 zmodernizowanych tramwajów i trolejbusów. Cały transport publiczny w Winnicy opiera się na systemie płatności zbliżeniowych. Opłata za przejazd jest możliwa na kilka sposobów: za pomocą municypalnej karty winnyczanyna; karty płatniczej z technologią NFC; poprzez skanowanie kodu QR w aplikacjach mobilnychPrivat24 oraz monobank;