Szkoła 27 września 1988 roku otrzymała patrona i odtąd nosiła nazwę Szkoły Podstawowej nr l im. 68. Wrzesińskiego Pułku Piechoty we Wrześni. Równocześnie otrzymała (drugi w swej historii) sztandar szkolny. W następnych latach zaszło wiele zmian, m.in. zniknęły istniejące od 1903 roku kaflowe piece, utworzono izbę patrona, dołączono pawilon. Od l stycznia 1996 roku organem prowadzącym szkołę stała się Gmina Września. Przez rok szkolny 1997/98 odbył się kapitalny remont budynku. Z powodu reformy szkolnej wprowadzającej gimnazja, z końcem roku szkolnego 1998/99 SSP nr l opuściły dwa roczniki absolwentów – po klasie VIII i po klasie VI, szkoła stała się więc równocześnie szkołą podstawową 8-klasową (starego typu) i 6-klasową (nowego typu). Tak było jeszcze w dwu następnych latach. W związku z likwidacją SSP nr 3 i stopniowym przejmowaniem jej rejonu przez SSP nr l gwałtownie wzrosła liczba uczniów.
Samorządowa Szkoła Podstawowa nr 2 im. Dzieci Wrzesińskich Szkoła znajduje się przy ul. Kościuszki 24. Organem prowadzącym placówkę jest gmina Września.
Samorządowa Szkoła Podstawowa nr 6 im. Jana Pawła II Szkoła znajduje się przy ul. Batorego 8. Organem prowadzącym placówkę jest gmina Września.