Okupacja W 1940 budynek parafii wraz z kościołem, pałacem Działyńskich, Szpitalem Ewangelickim oraz kilkoma innymi budynkami przy ulicy Mylnej znalazł się w tzw. enklawie ewangelickiej – wyłączonym z warszawskiego getta obszarze połączonym z dzielnicą aryjską wąskim korytarzem prowadzącym przez zniszczoną w czasie obrony Warszawy we wrześniu 1939 posesję przy ulicy Przejazd 5. Parafianie i duchowni nieśli pomoc Żydom z getta, co upamiętnia jeden z pomników granic getta znajdujący się za budynkiem parafii.
W trakcie okupacji zginęło wielu parafian, zamordowano kilku księży. Ewangelicy brali udział w powstaniu warszawskim. Spłonęły budynki parafii na Lesznie, uszkodzeniu uległ kościół oraz parafialny cmentarz przy Żytniej 42.
Po wojnie Pierwsze nabożeństwa odprawiano w udostępnionej przez metodystów kaplicy przy placu Zbawiciela. Rozpoczęto remont kościoła przy al. „Solidarności”. Służył on także warszawskim luteranom, których świątynia spłonęła w 1939 roku. W 1958 roku parafia odzyskała plebanię (pałacyk Zuga), gdzie swą siedzibę znalazły: Konsystorz Kościoła Ewangelicko-Reformowanego (najwyższy organ wykonawczy), redakcja reaktywowanej w 1957 roku „Jednoty”, a w latach 1960–1974 Polska Rada Ekumeniczna.