Pătrășcanu był jednym z najpopularniejszych polityków komunistycznych, jednak nie posiadał zaufania innych członków kierownictwa partii (członków obu najsilniejszych frakcji: „moskiewskiej”, przybyłych do Rumunii wraz z Armią Czerwoną, jak i frakcji związanej z działaczami, którzy lata wojny spędzili w więzieniu). Co gorsza, naraził się Józefowi Stalinowi, który uznał go za „szowinistę” z racji stawiania wyżej zysków narodowych Rumunii aniżeli ZSRR. W efekcie najpierw, oskarżony o „odchylenie nacjonalistyczne” został odsunięty z kierownictwa partii, a 28 kwietnia 1948 r. wraz z żoną aresztowany; od natychmiastowej śmierci uchroniło ich jedynie wstawiennictwo Any Pauker. W 1949 r. przywódca KPR Gheorghe Gheorghiu-Dej ogłosił go publicznie „imperialistycznym agentem”.

Po śmierci Józefa Stalina w 1953 r. Gheorghiu-Dej obawiał się, że nowi przywódcy KPZR mogą wykorzystać Pătrășcanu i postawić go na czele partii w jego miejsce. Aby temu zapobiec postanowił potencjalnego konkurenta usunąć – Pătrășcanu został osądzony w tajnym procesie i rozstrzelany 17 maja 1954 r.;