W 1642 roku potomek Khye Bumsy, Phuntsog Namgyal, został ogłoszony pierwszym królem Sikkimu w Yuksomie przez trzech wielkich lamów, którzy niezależnie od siebie przybyli do Yuksomu z północy, zachodu i wschodu. Yuksom stał się pierwszą stolicą Sikkimu.
W 1700 r. Bhutan zaatakował Sikkim, korzystając ze wsparcia przyrodniej siostry czogjala, której roszczenia do tronu zostały odrzucone. Dziesięć lat później Butańczycy zostali wyparci przez Tybetańczyków, którzy przywrócili władzę królewską. W okresie od 1717 do 1733 r. Sikkim był stale atakowany przez Nepal (który raz całkowicie zniszczył stolicę) z zachodu i Bhutan ze wschodu. W wyniku tych wydarzeń Sikkim utracił dużą część swojego terytorium.
W latach 1775–1815 około 180 000 etnicznych Nepalczyków z wschodniego i środkowego Nepalu osiedliło się w Sikkimie. Sikkim zwrócił się następnie z prośbą o wsparcie do Brytyjskiej Kompanii Wschodnioindyjskiej, która rozszerzała swoje wpływy w północnych Indiach. Nepal ponownie zaatakował Sikkim i zajął większość jego terytorium, włącznie z Terajem. W odpowiedzi, w 1814 r., wojska Kompanii Wschodnioindyjskiej zaatakowały Nepal, co doprowadziło do wojny z Gurkhami.