Prezentowanych jest na niej 785 dzieł sztuki ułożonych w ciągi chronologiczne, stylowe i tematyczne.
Zbiory Intencją założyciela było, aby w Muzeum: Jednym z ważniejszych obiektów eksponowanych na wystawie stałej jest miecz świętego Piotra. W „Kronice biskupów poznańskich” Jan Długosz opisuje go jako prawdopodobny miecz, którym Piotr Apostoł podczas pojmania Chrystusa w ogrodzie Oliwnym odciął Malchusowi (słudze arcykapłana) ucho. Miecz według legendy miał zostać ofiarowany 968 roku biskupowi Jordanowi, pierwszemu, wysłanemu przez papieża do Poznania biskupowi. Miecz ten przez stulecia traktowany jak relikwia, przechowywany był w skarbcu katedry poznańskiej, w połowie lat 90. XX wieku znalazł się w zbiorach Muzeum Archidiecezjalnego.
W zbiorach znajduje się między innymi: kolekcja malarstwa i rzeźby gotyckiej – 21 kwater ołtarzowych oraz 179 rzeźb z XIV, XV i XVI wieku, m.in.: ołtarze z Grabowa Królewskiego, Krotoszyna, Marcinek, Brodów, Gostynia, Głuchowa, Madonny z Ołoboku, Łukowa, Mądrego, Niechłodu, Pietà z Jeżewa, Nowego Miasta, Ceradza Kościelnego, Krucyfiks z Dolska, Kamionnej. kolekcja sztuki nowożytnej – malarstwo oraz rzeźba, warsztatów i artystów polskich, włoskich, niemieckich, czy hiszpańskich. kolekcja portretów – portrety trumienne, portrety męskie, kobiece, dostojników kościelnych, urzędników państwowych