Druga Runda Losowanie par Drugiej Rundy odbyło się 28 i 29 listopada 2009 i obejmowało 40 zwycięskich zespołów z Pierwszej Rundy. Bath City oraz Staines Town F.C. reprezentujące Conference South a także Northwich Victoria grająca na co dzień w Conference North (6 poziom ligowy) były najniżej notowanymi drużynami na tym etapie rozgrywek, jednakże żadna z nich nie awansowała do kolejnej rundy.
L.p.GospodarzewynikGościeWidzów 1 Northwich Victoria 1:3 Lincoln City 3,544 2 Northampton Town 2:3 Southampton 4,858 3 Hereford United 0:1 Colchester United 2,225 4 Tranmere Rovers 0:0 Aldershot Town 3,742 powtórka Aldershot Town 1:2 Tranmere Rovers 4,060 5 Kettering Town 1:1 Leeds United 4,837 powtórka Leeds United 5:1† Kettering Town 10,670 6 Gillingham 1:0 Burton Albion 4,996 7 Wrexham 0:1 Swindon Town 3,011 8 Brighton & Hove Albion 3:2 Rushden & Diamonds 3,638 9 Rotherham United 2:2 Luton Town 3,210 powtórka Luton Town 3:0 Rotherham United 2,518 10 Milton Keynes Dons 4:3 Exeter City 4,867