bolońska kapituła zakonu mianowała go prowincjałem Lombardii.
Po rezygnacji Rajmunda z Penyafort w Paryżu zebrała się kapituła z zamiarem wybrania nowego generała zakonu. 19 maja 1241 bracia wybrali Jana z Wildeshausen na swojego nowego zwierzchnika. Jan miał początkowo odmówić. Dopiero przemowa Hugona z Saint Cher miała go przekonać do przyjęcia stanowiska.
Jednym z najważniejszych wyzwań stojących wówczas przed dominikanami, był konflikt pomiędzy cesarzem i papieżem. Osobista znajomość z Fryderykiem II z czasów studenckich niewątpliwie pomagała Janowi w trudnej sztuce lawirowania pomiędzy dwoma potężnymi władcami. Mimo szacunku i przyjaźni, jaką darzył cesarza, generał nie miał jednak wątpliwości, komu powinien być podporządkowany – kolejne kapituły generalne potwierdzały, że dominikanie podlegają papieżowi i słuchają jego poleceń, choć powinni powstrzymywać się od krytyki władzy świeckiej.