Przyjmuje się, że w zachowanej architektonicznej bryle świątynia została wzniesiona w XV wieku, w wieku XVII została poważnie rozbudowana, a w wieku XIX oraz w 1927 roku odrestaurowana.
Architektura Kościół w Czerninie jest skromną budowlą salową murowaną z kamienia i cegły, z nawą założoną na rzucie prostokąta bez wyodrębnionego prezbiterium, oraz dobudowaną nieco później, bo około roku 1520 masywną wieżą od zachodu.
Przeprowadzone badania architektoniczne wydobyły spod grubej warstwy cementowego tynku najstarszą, wschodnią część kościoła. Według pierwotnej koncepcji miała to być dość potężnych rozmiarów świątynia trójnawowa, z wyodrębnionym prezbiterium. W pierwszej, najstarszej fazie budowy, zrealizowano prezbiterium z zakrystią. Trójnawowy korpus albo został całkowicie zniszczony w XV wieku, albo nigdy nie został według pierwotnej koncepcji zrealizowany. Zamierzone prezbiterium zostało zatem przebudowane i włączone w plan obecnej nawy, stanowiąc jej większą część.