W 1994 roku z powodzeniem kandydował do Rady Miejskiej Chojnowa. W 1998 roku startując z list KWW Chojnów Rodziną uzyskał reelekcję uzyskując 175 głosów – najwięcej spośród wszystkich kandydatów. Podczas pierwszej sesji rady został wybrany na członka Zarządu Miasta, na czele którego stanął burmistrz Andrzej Dwojak.
W 2002 roku reprezentując KWW Chojnów Rodziną ogłosił swój start w pierwszych bezpośrednich wyborach na urząd Burmistrza Miasta Chojnowa. W pierwszej turze głosowania, 27 października, Jana Serkiesa poparło 1704 wyborców (38,74%), co dało mu kilkuprocentowe zwycięstwo nad byłym wiceburmistrzem Bolesławem Jakubiakiem. W drugiej turze, 10 listopada, został wybrany na urząd burmistrza, uzyskując 1952 głosów poparcia (56,65%).
Pierwsza kadencja Jana Serkiesa na stanowisku burmistrza upłynęła pod znakiem poprawy sytuacji finansowej miasta. W ciągu czterech lat nastąpił znaczny wzrost środków przeznaczanych na inwestycje (w 2002 roku procent inwestycyjny w ogólnym budżecie wynosił niespełna 2, w 2006 roku przekroczył 21). Duży wpływ na taki stan rzeczy miało wstąpienie Polski w 2004 roku do Unii Europejskiej i pozyskiwanie przez chojnowski samorząd funduszy unijnych.