Premier Belgii W 1992, po niepowodzeniu prób Guy Verhofstadta i Melchiora Watheleta, udało mu się sformować koalicję rządzącą złożoną z chrześcijańskich demokratów i socjalistów. Pierwszy przez niego kierowany rząd doprowadził do przekształcenia Belgii w federację. W 1993 złożył królowi ostatecznie niezrealizowaną rezygnację swojego gabinetu z powodu zróżnicowanych poglądów na finanse publiczne. Po śmierci króla Baldwina I jego rząd wykonywał funkcję głowy państwa aż do zaprzysiężenia księcia Alberta jako Alberta II dziewięć dni później. W 1994 zarządził wycofanie belgijskich wojsk z Rwandy. Był jednym z kandydatów na następcę Jacques’a Delorsa na stanowisku przewodniczącego Komisji Europejskiej, jego nominację zablokował jednak brytyjski premier John Major.
Drugi rząd Jean-Luka Dehaene, działający od 1995, również składał się z chrześcijańskich demokratów i socjalistów. Gabinet ten przetrwał całą kadencję, jednak na jego pozycję i notowania partii koalicyjnych negatywnie wpłynęły sprawa Marca Dutroux i skandal dotyczący skażonej żywności.