Z biegiem lat zaczął interesować się twórczością Johanna Sebastiana Bacha i Wolfganga Amadeusa Mozarta. Jego charakterystyka postaci Mozarta odbiega od ujęcia Otto Jahna – Hermann Abert ukazuje skomplikowaną psychikę twórcy. Problematyce teorii opery poświęcony jest jego zbiór szkiców Grundprobleme der Operngeschischte. Prace Aberta, oparte na gruntownej znajomości metod filologicznych, wniosły w metodologię muzykologii nowe tendencje – szczególnie w zakresie metod badania i interpretacji źródeł oraz ich analizy.
Działalność naukowa Hermanna Aberta – obok Hugo Riemanna i Hermanna Kretzschmara – zdecydowała o rozkwicie muzykologii niemieckiej w XX w. Hermann Abert stworzył niemiecką szkołę muzykologiczną, z której wyszli m.in. Friedrich Blume i Karl Gustav Fellerer.
Dzieła Die Lehre vom Etos in der griechischeen Musik, Lipsk 1899 Der noue Aristoxenosfund und Oxyrhynchos, Lipsk 1899 Die ästhatichen Grundsätze der mittelalterlichen Melodiebildung, Halle 1902 Zu Cassiodor, Berlin 1902 Robert Schumann, Berlin 1903 Die Musikanschauung des Mittelalters und ihre Grundlagen, Halle 1905 Ein neuer musikalischer Papyrusfund, Berlin 1906 Die musikätsthetishe Anschauungen der frühesten christlischen Kirche, 1907 Nicolo Jomelli als Opernkomponist, Halle 1908 Wolfgang Amadeus Mozart t.