W 1980 według niektórych wersji przyjął islam (był katolikiem i równocześnie praktykował voodoo) i zmienił imię na Ahmed. Do rzekomej konwersji miało dojść w trakcie jego wizyty w Libii i miała ona posłużyć do pozyskania libijskiej pomocyTerry M. Mays (2002) Africa's First Peacekeeping Operation: The OAU in Chad, 1981–1982, s. 61. .. Niezależnie od tego czy do konwersji doszło, ewentualna zmiana nie była długa, wkrótce powrócił do poprzedniego imienia i ponownie praktykował chrześcijaństwo. W 1987 roku przekształcił system rządów wojskowych w cywilny. Około 1990 roku konwertował na ewangelikalny protestantyzm. mały|Mathieu Kérékou z rumuńskim przywódcą Nicolae Ceauescu w 1976 roku Jego rządy cechowały się stabilnością wewnętrzną (rozbił kilka prób puczu), niemniej jednak nieudane eksperymenty gospodarcze (w szczególności w dziedzinie produkcji rolnej, które to zostały uniemożliwione przez suszę) skłoniły Kérékou do szukania pomocy gospodarczej za granicą. W 1989 roku zapowiedział demokratyzację i zrezygnował z marksizmu. Rok później wprowadził system wielopartyjny (tym samym zlikwidowana została monopartiaDavid Lea & Annamarie Rowe (2001) A Political Chronology of Africa, Taylor & Francis, s. 34) i usunął z nazwy państwa określenie „Ludowa”. W 1991 roku zezwolił na przeprowadzenie pierwszych wolnych wyborów.