– japoński piłkarz występujący na pozycji bocznego obrońcy w klubie F.C. Tokyo.
Kariera klubowa mały|lewo|100px|Nagatomo w czasach gry w FC Tokio Nagatomo skierował swoje pierwsze kroki sportowe do miejscowego klubu Ehime FC, gdzie nie poznano się na jego talencie. Zespół Saijo Kita Junior High School nie powtórzył tego błędu i pozwolił mu na grę w swoich barwach.
Po przenosinach do Fukuoki Yūto Nagatomo rozpoczął karierę w drużynie Higashi Fukuoka High School, z którą wziął udział w mistrzostwach szkół średnich. Następnie występował w klubie uniwersyteckim Meiji University. Dobre występy w tym zespole umożliwiły mu znalezienie się w jedenastce najlepszych piłkarzy drużyn uniwersyteckich.
W 2007 został zawodnikiem klubu F.C. Tokyo. Pierwszy mecz ligowy w nowych barwach rozegrał 8 marca 2008 z Vissel Kobe. Wyróżnił się w meczu z Júbilo Iwata, gdzie strzelił bramkę i zanotował asystę.
Cesena W 2010 roku Nagatomo został wypożyczony do włoskiej Ceseny, a w styczniu 2011 został wykupiony przez ten klub za 1,7 mln euro. Debiut Nagatomo w barwach Koników Morskich miał miejsce 28 sierpnia 2010 w ligowym meczu z AS Roma. Dla Ceseny zagrał łącznie w 16 meczach ligowych.