W późnym średniowieczu niezależność książąt niemieckich rosła, co znalazło odzwierciedlenie w Złotej Bulli z 1356 r., która uregulowała ustrój państwa jako monarchii elekcyjnej. W 1517 r. w Niemczech rozpoczął się ruch dążący do reformy Kościoła katolickiego, który doprowadził do powstania wyznań protestanckich. Ze względu na rozdrobnienie Niemiec, reformację wprowadzono w wielu niemieckich księstwach, podczas gdy część pozostała przy katolicyzmie. Spór religijny doprowadził do wojny trzydziestoletniej (1618–1648), którą zakończył pokój westfalski.
W XVIII w. o prymat w Niemczech walczyły monarchia Habsburgów oraz Prusy, jednak w 1806 r. imperium zostało formalnie rozwiązane w rezultacie wojen napoleońskich, a po upadku Napoleona w 1815 r. kongres wiedeński usankcjonował restaurację dawnych monarchii i powstanie luźnej federacji niemieckich państewek, nazywanej Związkiem Niemieckim. Jednocześnie liberalne idee rewolucji francuskiej uzyskały duże poparcie Niemców, co doprowadziło w 1848 r. do wybuchu Wiosny Ludów.