Flota Czarnomorska straciła jednak kilka ważnych instalacji, takich jak NITKA (skrót nazwy symulatora lotów) w bazie treningowej lotnictwa morskiego w Saki, czy też bazę sił specjalnych w Oczakowie. Podział floty nadal wywołuje emocje, tym więcej, że wiele problemów dotyczących współpracy obu flot nie zostało rozwiązanych, co prowadzi do odnawiania się konfliktów.
Po roku 1997 większość ukraińskich jednostek została oddana na złom. W 2009 roku jedynie fregata „Hetman Sahajdaczny” była zdolna do podejmowania trudniejszych misji.
Wspólne ćwiczenia WMSU i Floty Czarnomorskiej podjęto ponownie w roku 2010, po siedmioletniej przerwieUkraina i Rosja podejmą wspólne ćwiczenia morskie, ITAR-TASS 12 marca 2010).
Większość sprzętu, uzbrojenia i wyposażenia SWM SZU, podobnie jak w pozostałych rodzajach sił zbrojnych Ukrainy, jest wciąż sowieckiego pochodzenia. W maju 2011 roku położono stępkę pod korwetę „Wołodymyr Wełykij” (korweta projektu 58250), pierwszą z czterech planowanych. W dniu 25 października 2012 roku w Kijowie w stoczni Leninska Kuznia odbyła się uroczystość rozpoczęcia budowy dwóch opancerzonych kutrów artyleryjskich proj. 58155 Gjurza-M przeznaczonych dla marynarki wojennej Ukrainy.