Ci twierdzą jednak, że komandosi otworzyli ogień jeszcze przed dokonaniem abordażu.
Rada Bezpieczeństwa ONZ potępiła akty, których rezultatem jest śmierć co najmniej 10 cywili i wielu rannych oraz wezwała do natychmiastowego, całkowitego, wiarygodnego i transparentnego śledztwa odpowiadającego międzynarodowym standardom. Rada Praw Człowieka ONZ również wezwała do wszczęcia śledztwa w sprawie izraelskiego ataku. Premier Izraela Binjamin Netanjahu wyraził ubolewanie w związku ze śmiercią aktywistów, stwierdził jednak także, że incydent u wybrzeży Strefy Gazy był jasnym przykładem samoobrony żołnierzy izraelskich, podczas gdy Izrael jest ofiarą międzynarodowego ataku hipokryzji.
Incydent u wybrzeży Gazy wywołał reakcje ze strony rządów, organizacji międzynarodowych i pozarządowych z całego świata. Spowodował także antyizraelskie demonstracje w wielu krajach. Rada Bezpieczeństwa ONZ wezwała do natychmiastowego uwolnienia aktywistów przetrzymywanych przez Izrael. Władze tego państwa odpowiedziały, że wypuszczą 620 z 682 aresztowanych osób i deportują je do krajów ich pochodzenia. Ładunek przewożony przez statki został zatrzymany, wyładowany w porcie w Aszdodzie, skontrolowany, a jego część zaaprobowana przez Izraelczyków została wysłana drogą lądową do Gazy.