W sezonie Apertura 2006 po raz kolejny został wicemistrzem kraju, za to rok później został wybrany przez kibiców najlepszym zawodnikiem Universidadu.
Najbardziej udanymi w karierze Pinto był 2009 rok, na początku którego został kapitanem Universidadu, zastępując w tej roli Marcelo Salasa. Wiosną, podczas sezonu Apertura 2009 zdobył drugie w karierze mistrzostwo Chile, zaś jesienią został wybrany przez EFE najlepszym bramkarzem rozgrywek Copa Sudamericana, z których jego zespół odpadł jednak już w ćwierćfinale. Ponadto w plebiscycie ANFP otrzymał nagrody dla najlepszego piłkarza i bramkarza sezonu ligi chilijskiej, a ostatnie z wymienionych odznaczeń otrzymał również od magazynu El Gráfico. Urugwajska gazeta El País wybrała go natomiast najlepszym golkiperem Ameryki Południowej, umieszczając go w jedenastce kontynentu. W 2010 roku doszedł z Universidadem do półfinału rozgrywek Copa Libertadores. Ogółem barwy Universidadu reprezentował przez dziewięć lat, będąc jedną z ważniejszych figur w najnowszej historii klubu.