Od 1724 roku nazywana jest kościołem mieszczańsko-brackim.
Restaurację kościoła przeprowadzono w roku 1721, oraz ponownie w 1743, po uszkodzeniach powstałych w wyniku wojny śląskiej. Świątynia szczęśliwie przetrwała oblężenie Nysy przez armię napoleońską w 1807 roku, doznając tylko lekkich uszkodzeń, a następnie służyła w latach 1836-1876 jako kościół gimnazjalny.
W latach 1881–1885 rozebrano mury do wysokości jednego metra i ponownie odtworzono całość budowli. Zgodnie z ówczesnymi tendencjami do regotyzacji zachowano tylko niektóre elementy architektoniczno-rzeźbiarskie, pozostawiono także ambonę i ołtarz z barokowym obrazem przedstawiającym zwiastowanie. Niemal całkowicie wymieniono jednak resztę wyposażenia kościoła, co doprowadziło do poważnego zmniejszenia jego wartości jako zabytku.
Dalszych niekorzystnych zmian w wystroju świątyni dokonano po drugiej wojnie światowej. Na początku lat pięćdziesiątych XX wieku rozebrano wielki neogotycki ołtarz i zastąpiono go małym barokowym tabernakulum. Następnie podczas remontu w 1968 roku usunięto figury świętych Piotra i Pawła, znajdujące się we wnękach fasady.