Ołtarz główny tworzy wysoka płaskorzeźba przedstawiająca scenę Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny. Obok płaskorzeźby znajdują się figury licznych świętych: św. Wacława – patrona Czech, św. Maternusa, św. Benedykta i św. Scholastyki, św. Floriana – patrona strażaków, św. Bernarda od Krzyża, św. Jadwigi oraz św. Barbary. Ponadto na ołtarzu umieszczone zostały dwa szklane relikwiarze zawierające szkielety męczenników: Benignusa i Viktoriusa.
Z prezbiterium istnieje bezpośrednie przejście do gotyckiej części kościoła, na którą składają się zakrystia i krużganki. Ponadto poza ołtarzem głównym znajduje się rokokowa kaplica Zesłania Ducha Świętego. Dawniej pełniła ona rolę klauzury, w której podczas nabożeństw przebywały siostry zakonne. W pomieszczeniu tym zachowały się stalle zdobione płaskorzeźbami przedstawiającymi herby rodów szlacheckich, które wspierały klasztor.
W latach 60. XX wieku pod nawą główną kościoła odkryto podziemia z grobowcami. Obecnie wejście przykryte jest masywną kamienną płytą znajdującą się pod dywanem w nawie głównej pomiędzy pierwszymi ławkami.
Model lubomierskiego kościoła można oglądać w Parku Miniatur w Kowarach.
Przypisy