7 listopada 1987 premier dokonał bezkrwawego przewrotu, uzyskując orzeczenie lekarskie o niezdolności prezydenta Burgiby do sprawowania urzędu ONZ, 2009.Bourguiba Described in Tunis New York Times, 9 listopada 1987. Zgodnie z ówczesną tunezyjską konstytucją automatycznie przejął obowiązki głowy państwa. Tego samego dnia został także przywódcą rządzącej Dusturowskiej Partii SocjalistycznejEncyklopedia Świat w przekroju, Warszawa 1990, ISSN 0137-6799, s. 353 a nowym premierem został Al-Hadi al-Bakkusz. 27 lutego 1988 ibn Ali założył nową partię – Zgromadzenie Demokratyczno-Konstytucyjne. W następstwie wyborów generalnych w 1989, 2 kwietnia 1989, został oficjalnie zaprzysiężony na stanowisku prezydenta na 5-letnią kadencję.
Początkowo bardziej liberalny względem opozycji (w tym tej islamistycznej) niżeli poprzednik. W 1991 roku jednak zdelegalizował opozycyjną Partię Odrodzenia i zaapelował o zwalczanie islamskich radykałów. Od tego czasu jego rządy były krytykowanie jako łamiące prawa człowieka. Jako przywódca Zgromadzenia Demokratyczno-Konstytucyjnego wygrywał (z przytłaczającym poparciem) kolejno wybory w 1994, 1999, 2000 i 2009 roku. W polityce gospodarczej realizował program neoliberalny.