Program został zamknięty po tym, jak Kaidan, chcąc chronić koleżankę, w napadzie szału nieumyślnie zabił znęcającego się nad nią sadystycznego instruktora.
Po zamknięciu programu czuł się zagubiony i sparaliżowany, powrócił jednak do Przymierza w 2173 roku, aby rozpocząć służbę. Odmówił dalszego szkolenia biotycznego, wstąpił do Marynarki Przymierza i awansował na porucznika. Mimo problemów zdrowotnych wywoływanych przez implant (migreny, wrażliwość na światło i hałas) zdobył kilka wyróżnień. Ostatecznie trafił na SSV Normandię pod dowództwo kapitana Andersona, a następnie komandora Sheparda.
Wraz z Shepardem trafił na Eden Prime w celu zabezpieczenia starożytnego nadajnika. Podczas misji spotykają zbuntowane turiańskie Widmo, Sarena Arteriusa, który spiskuje ze Żniwiarzami. Gdy Shepard otrzymuje status Widma, wraz z nim rozpoczyna pościg za Saranem, mający na celu udaremnienie jego działań.