W 1989 r. Reid został głównym mówcą opozycji ds. dzieci. Był nim do 1990 r., kiedy został opozycyjnym mówcą ds. obrony. Po wygranych przez Partię Pracy wyborach w 1997 r. Reid został ministrem stanu w ministerstwie obrony. W 1998 r. został ministrem stanu w resorcie transportu. Był nim do 17 maja 1999 r., kiedy to został ministrem ds. Szkocji i członkiem gabinetu. Podczas sprawowania tego urzędu często popadał w konflikty ze Szkockim Parlamentem. W styczniu 2001 r. otrzymał tekę ministra ds. Irlandii Północnej, jako pierwszy katolik na tym stanowisku. 24 października 2002 r. został ministrem bez teki i Party Chair.
Po rezygnacji w marcu 2003 r. Robina Cooka ze stanowisk rządowych w związku z jego obiekcjami odnośnie brytyjskiego udziału w inwazji na Irak, Reid objął jego stanowiska przewodniczącego Izby Gmin i Lorda Przewodniczącego Rady. Sprawował je jednak tylko trzy miesiące, po czym został mianowany ministrem zdrowia. Jego autorytarny styl kierowania resortem wywoływał krytykę ze strony liderów Narodowej Służby Zdrowia. Starał się możliwie ograniczyć proponowany zakaz palenia w miejscach publicznych do miejsc, gdzie podawane jest jedzenie.