W trakcie rozmowy z księdzem doszło do awantury, w wyniku której Tyszkiewicz został uderzony przez księdza i uwięziony. Inne relacje nie potwierdzają tego zajścia z księdzemStanisław Kot, „Relacja o Iwanie Tyszkowicu” [w:] Reformacja w Polsce. Organ Towarzystwa do Badania Dziejów Reformacji w Polsce. R.9-10 1937–1939 nr. 33-40, s. 464-469, cytuje obszerną relację Andrzeja Lubienieckiego z 1656 r..
Argumenty Tyszkiewicza i jego obrońców, powołujących się na gwarancje tolerancji religijnej z artykułów konfederacji warszawskiej zostały zignorowane przez sędziego, ale apel do Trybunału poskutkował – Trybunał nakazał Tyszkiewicza wypuścić, a prokurator obłożył grzywną. Sędzia jednak przedłożył sprawę na dwór królewski, a w zmienionym opisie sprawy oskarżono Tyszkiewicza o rzekome bluźnierstwo i profanację krucyfiksu. Dwór królewski na początku odrzucił karę śmierci, ale nakazał Tyszkiewiczowi sprzedanie posiadłości w Warszawie i jej opuszczenie w ciągu sześciu tygodni, pod karą śmierci. Od wyroku tego złożono apelację, na skutek czego sprawą zainteresowała się królowa (Konstancja Habsburżanka), znana z pobożności i dewocji katolickiej i nietolerancji w stosunku do innowierców. Wpływ królowej spowodował ponowne rozpatrzenie sprawy, wobec czego dano Tyszkiewiczowi możliwość odrzucenia wiary braci polskich i przejścia na katolicyzm.