Powrót do Liverpoolu mały|left|Jonjo podczas przedsezonowego sparingu z Romą 30 listopada 2011 po problemach kadrowych w Liverpoolu, jego klub zdecydował się na zakończenie jego wypożyczenia. W następny weekend pierwszy raz wyszedł od pierwszych minut w lidze. 6 stycznia 2012 trafił swojego pierwszego gola dla klubu w meczu FA Cup z Oldham Athletic na Anfield. 8 maja 2012 trafił swojego pierwszego gola w Premier League w wygranym 4-1 spotkaniu z Chelsea. W sezonie 2011/2012 Shelvey zdobył z drużyną klubową Puchar Ligi Angielskiej.
10 lipca 2012 roku podpisał nowy, długoterminowy kontrakt z Liverpoolem. 20 września 2012 wszedł z ławki w meczu Ligi Europy z BSC Young Boys i trafił dwie bramki. Trzy dni później otrzymał czerwoną kartkę w derbach z Manchesterem United. Shelvey trafił również bramkę z Udinese Calcio w Lidze Europy. 22 listopada 2012 roku trafił bramkę z Young Boys na Anfield w Lidze Europy.
Swansea City 3 lipca 2013 roku Shelvey podpisał czteroletni kontrakt z walijskim Swansea City.