W styczniu 2003 Rey, dzięki udanym występom na zapleczu najwyższego szczebla, został przeniesiony do drużyny Atlante FC. W jej barwach 12 stycznia 2003 w zremisowanym 1:1 spotkaniu z Monterrey zadebiutował w meksykańskiej Primera División i od razu został podstawowym piłkarzem ekipy prowadzonej przez trenera Miguela Herrerę. Premierowego gola w lidze meksykańskiej strzelił 9 lutego tego samego roku w wygranej 3:1 konfrontacji z Pueblą. Szybko zaskarbił sobie miano rewelacji i jednego z najskuteczniejszych zawodników rozgrywek, a w jesiennym sezonie Apertura 2003 wywalczył tytuł króla strzelców ligi meksykańskiej z piętnastoma bramkami na koncie. Został tym samym pierwszym Kolumbijczykiem w historii ligi meksykańskiej, który osiągnął koronę najlepszego snajpera. Ogółem barwy Atlante reprezentował przez dwa lata, bez poważniejszych jednak sukcesów drużynowych.