Rua znokautował go w pierwszej rundzie walki ciosami młotkowymi, zwyciężając w całym turnieju.
W lutym 2006 roku odniósł swoją jedyną porażkę w PRIDE, gdy przegrał z Markiem Colemanem przez TKO z powodu złamania ręki. Po rehabilitacji stoczył w Japonii jeszcze 4 walki, wszystkie wygrywając (m.in. z Randlemanem i rewanż z Overeemem). UFC W 2007 roku PRIDE FC została zakupiona przez właścicieli konkurencyjnej amerykańskiej organizacji Ultimate Fighting Championship (UFC). Rua zadebiutował w niej we wrześniu, podczas gali UFC 76. Będąc nieprzygotowanym kondycyjnie do walki, przegrał przez poddanie z niżej notowanym Forrestem Griffinem. Dodatkowo doznał ciężkiej kontuzji kolana, która wyeliminowała go z kolejnych startów na niemal 15 miesięcy.
Do octagonu powrócił w styczniu 2009 roku, gdy pokonał Marka Colemana, rewanżując mu się za porażkę sprzed trzech lat. Trzy miesiące później znokautował byłego mistrza UFC Chucka Liddella. Zwycięstwo nad Liddellem otworzyło przed Ruą szansę walki o mistrzostwo UFC w wadze półciężkiej z niepokonanym Lyoto Machidą. Doszło do niej 24 października 2009 roku (UFC 104) w Los Angeles. Machida pokonał rodaka przez jednogłośną decyzję sędziów po 5 rundach walki. Werdykt był jednak kontrowersyjny i spotkał się z powszechną krytyką kibiców i prasy.