Hutu i Tutsi przez wieki żyli ze sobą w relatywnej zgodzie. Nierówności społeczne, a wraz z nimi podziały etniczne, uległy jednak zaostrzeniu w okresie rządów kolonialnych (czynnika tego nie należy jednak przeceniać). Niemcy i Belgowie faworyzowali bowiem Tutsi, powierzając im niższe stanowiska w administracji kolonialnej. Jednocześnie na miejscową ludność nakładano rozmaite obciążenia (praca przymusowa, kontyngenty, podatki itp.), co znacznie zwiększyło antagonizmy występujące jeszcze przed przybyciem Europejczyków. Ponadto Belgowie jako pierwsi wprowadzili dokumenty tożsamości zawierające informacje o przynależności etnicznej. W Rwandzie narastające antagonizmy etniczne doprowadziły ostatecznie do wybuchu krwawego powstania ludowego, które obaliło tamtejszą monarchię Tutsi. W rezultacie Rwanda rozpoczęła niepodległy byt jako zdominowana przez Hutu republika.
Odmiennie rozwinęła się sytuacja w Burundi. Społeczna hierarchia oraz podziały etniczne były tam bowiem o wiele mniej sztywne i znacznie bardziej skomplikowane niż w Rwandzie. W Burundi istniała także unikalna oligarchiczna warstwa ganwa, która z czasem wykształciła się w osobną grupę etniczną i stała na samym szczycie społecznej hierarchii.