W 2011 roku w budżecie Federacji Rosyjskiej przewidziano 24,5 mld rubli na budowę kosmodromu. Do realizacji projektu Roskosmos zatrudniał podwykonawców, którzy dopuścili się nadużyć i defraudacji mienia na ogromną skalę. Jednocześnie robotnicy nie otrzymywali wynagrodzeń, co doprowadziło do ogłoszenia 22 kwietnia 2015 roku strajku głodowego, w wyniku którego Władimir Putin zlecił kontrolę projektu. Zaległości płacowe wobec 311 pracowników wynosiły wówczas 16,13 mln rubli. Robotnicy skarżyli się również na nieludzkie warunki pracy. Z protestującymi osobiście rozmawiał wiceminister Dmitrij Rogozin, prezes Roskosmosu.
Na skutek kontroli wszczęto 20 spraw karnych, a do sądu skierowano 600 wniosków o wypłatę zaległych pensji. Jednocześnie toczyły się dochodzenia w sprawie defraudacji dotacji państwowych, przeznaczonych na budowę kosmodromu, złamania prawa budowlanego i innych naruszeń. Rosyjski biznesmen Wiktor Griebniew, który w latach 2006 – 2014, był prezesem firmy budowlanej TMK (Tichookieanskaja Mostostroitielnaja Kompanija), jednym z podwykonawców budowy kosmodromu, został skazany na karę więzienia za malwersacje finansowe. W toku dochodzenia ustalono, że pieniądze z dotacji państwowych na budowę kosmodromu przeznaczył na zakup prywatnego jachtu i budowę rezydencji.